L’histoire raconte qu’un beau jour de printemps 1947 un jeune pâtre bédouin à la recherche d’une chèvre égarée découvrit dans une grotte des jarres de terre cuite renfermant des rouleaux recouverts d’une écriture ancienne. Était-ce vraiment après un animal que couraient les bédouins ? Ces derniers connaissaient-ils l’existence de ces rouleaux cachés ? Etaient-ils vraiment dans des jarres ? Que contenaient-ils ? À qui appartenaient-ils ? Qui les a rédigés, copiés ? … Autant de questions qui président à l’extraordinaire saga de la découverte des  manuscrits de la mer Morte, saga aux enjeux multiples qui depuis près de soixante ans suscite débats et questionnements sans cesse renouvelés à mesure que la recherche avance. Car cette découverte considérée comme la plus importante découverte archéologique du  XXème  siècle n’en finit pas d’interroger les fondements du judaïsme et du christianisme, qui se retrouvent liés comme jamais par cette mystérieuse bibliothèque enfouie dans le désert.

Très rapidement les bédouins vont chercher à tirer profit de leurs trouvailles. Ils les montrent à deux commerçants membres de l’Église syrienne, qui vont eux-mêmes les montrer au supérieur du couvent Saint-Marc à Jérusalem, le métropolite Mar Athanase Samuel. Entre-temps, par un autre intermédiaire, d’autres manuscrits découverts par les bédouins parviennent au professeur Éléazar Sukenik de l’Université hébraïque de Jérusalem, qui, rapidement convaincu de l’importance de la découverte, cherche à acquérir tous les rouleaux qui ont été découverts, notamment ceux qui sont aux mains du métropolite Mar Samuel. Cependant, ce dernier, supputant qu’il pourrait en tirer meilleur bénéfice à l’étranger, décide de garder ses rouleaux et de tenter sa chance aux États-Unis. Mais, ne parvenant pas à les vendre, il finit par faire paraître une annonce dans un journal en 1954.  C’est le propre fils de Sukenik (mort en 1953), Yigaël Yadin, qui les rachètera sous un faux nom pour ne pas éveiller ses soupçons. Ce n’est que deux ans après les premières découvertes, en 1949, que le directeur de l’École biblique et archéologique de Jérusalem, le Père Roland de Vaux, ainsi que Gérald Lankaster Harding, directeur du département des Antiquités de Jordanie, sont mis au courant de la découverte par une publication américaine. Ils organisent immédiatement des fouilles et c’est une véritable course aux manuscrits qui commence. Les archéologues des Écoles archéologiques française, anglaise et américaine de Jérusalem se livrent à une véritable compétition contre les bédouins dans les falaises du site. La course s’engage également sur le marché des Antiquités, avec en toile de fond les tensions liées à la création de l’État d’Israël.

Entre 1947 et 1955, parmi la centaine de grottes visitées, onze révèlent leurs secrets, mettant au jour quelque 900 manuscrits sous la forme de centaines de milliers de fragments. Ce chiffre représente sûrement une infime partie de ce qui devait s’y trouver à l’origine. En effet, au fil des siècles, bon nombre d’entre eux ont pu être détruits par les agressions climatiques, d’autres trouvés, dérobés, dispersés. Au début du IIème siècle, le grand savant bibliste Origène déclare avoir trouvé une version inconnue des Psaumes dans une jarre. Au XIIème siècle, c’est Timothée, un patriarche de Bagdad, qui raconte qu’un chasseur arabe en cherchant son chien découvrit une grotte pleine de livres. Ainsi les caches des manuscrits avaient-elles été régulièrement éventées. Par ailleurs, d’autres grottes aux alentours des onze concernées, ont révélé des jarres cassées et des tissus, ce qui laisse à penser qu’il devait aussi s’y trouver des rouleaux.

Ces écrits appartiennent tous à la littérature religieuse juive d’avant la chute du Temple de Jérusalem (70 après J.-C.). Aucun autre genre d’écrit (administratif, commercial, de correspondance ou archive privée...) n’a été retrouvé, hormis un étrange rouleau de cuivre, une carte au trésor, dont la signification réelle est encore à découvrir. Les premiers déchiffreurs ont tout d’abord séparé les manuscrits en deux catégories, «bibliques» et «non bibliques». Mais au fur et à mesure du déchiffrement, la proportion de manuscrits bibliques, c’est-à-dire identifiés comme faisant partie du canon des Bibles hébraïque et chrétienne (Ancien Testament), diminua (25 % environ de l’ensemble) au profit d’une masse de textes religieux non identifiés dans la Bible, qu’on appela «apocryphes», c’est-à-dire «cachés», non retenus par le canon biblique. Cependant, la plupart de ces textes se rattachent à des livres bibliques, dont ils proposent des lectures ou des versions nouvelles. S’ils ont disparu de la version officielle, on en retrouve trace dans les traditions populaires. C’est ainsi qu’un certain nombre est parvenu jusqu’à nous par des copies médiévales, juives ou chrétiennes. Quelques-uns néanmoins étaient totalement inconnus.