La Bibliothèque orientale (BO), bibliothèque patrimoniale et de recherche de l’Université Saint-Joseph de Beyrouth, a été fondée à la fin du XIXe siècle par les pères jésuites, dont elle demeure la propriété. Son histoire a récemment été retracée dans La Bibliothèque Orientale : un patrimoine révélé, un film documentaire disponible en ligne.

Au fil des années, les jésuites ont constitué une importante collection d’imprimés et de manuscrits en langues européennes et orientales (surtout français et arabe). Le fonds de la BO compte plus de 250 000 titres de livres, 1 800 titres de revues locales et étrangères, 3 700 manuscrits, 2 440 cartes géographiques et 30 0000 documents photographiques.

Implanté à Alexandrie depuis 1990, le CEAlex est un acteur majeur de l’étude de l’histoire longue de la ville et de sa région. À travers des fouilles archéologiques, des études thématiques et des projets de mise en valeur du patrimoine, le CEAlex a pour ambition d’enrichir la connaissance historique de cette métropole et de participer à la préservation de son patrimoine unique, tant antique que moderne. Sa bibliothèque compte plus de 12 000 ouvrages et 2 500 volumes de périodiques (livres rares, cartes et plans, textes relatifs aux grandes expéditions scientifiques du XIXe siècle). 

Le CEAlex ouvre notamment à Bibliothèques d'Orient sa cartothèque et sa riche collection de cartes postales. 

Depuis le XIVe siècle, Custodia Terræ Sanctæ est la province franciscaine englobant les régions où l'histoire chrétienne débuta, aujourd'hui Israël, les Territoires palestiniens, la Syrie, la Jordanie, le Liban, Chypre et Rhodes. Jusqu'au milieu du XIXe siècle, la Custodie était l'unique représentant institutionnel de l’Église catholique romaine en Terre sainte jouant un important rôle d'accueil des pèlerins. Elle demeure aujourd'hui gardienne des lieux saints pour le compte de cette Église.

D'abord bibliothèque privée des frères résidant au couvent du mont de Sion à Jérusalem, la bibliothèque de la Custodie s'est enrichie d'apports multiples, acquis ou légués par les pèlerins convergeant vers la ville sainte. En 1847, la production propre de la Custodie s'y ajoute grâce à une imprimerie créée au couvent du Saint-Sauveur. Souvent peu diffusées en Europe, ces publications inclut des livres et des revues sur les lieux saints (histoire, archéologie, liturgie, architecture) en plusieurs langues. On y trouve aussi des manuels de catéchisme, des traités de médecine ou de pharmacie, des manuels scolaires locaux et des publications officielles internes ou externes, réalisées à la demande des autorités municipales de Jérusalem

L'École biblique et archéologique française de Jérusalem (ÉBAF) a été fondée en 1890 par le Père Marie-Joseph Lagrange (1855-1938) comme une école pratique d'études bibliques au pays de la Bible. Elle mène de front exégèse et recherches archéologiques, et a acquis une notoriété scientifique dans les disciplines de l’épigraphie, de la linguistique sémitique, de l’assyriologie, de l’égyptologie, mais aussi en histoire ancienne, en géographie et en ethnographie.

La magnifique bibliothèque de l'ÉBAF contribue à sa renommée. Ses collections, riches de plus de         46 0000 volumes et de plus de 1 000 titres de périodiques spécialisés (dont 450 abonnements actifs), sont majoritairement dédiées à l'exégèse biblique et à l'archéologie du Proche-Orient, sans oublier les langues et la littérature des peuples du Proche-Orient ancien. Établie dès la création de l'École, la bibliothèque, initialement hébergée dans l'actuel réfectoire, s'étend désormais sur deux vastes étages de sous-sol, sous le couvent. Elle dispose d’une cartothèque et d'une photothèque comptant de plus de 33 000 clichés anciens inédits. 

Implantés au Caire depuis la fin des années 1920, les frères prêcheurs ont officiellement créé l'Institut dominicain d'études orientales (Idéo) en 1953. La mission de cet institut de recherche réside dans l’exploration du patrimoine théologique et philosophique de l’islam et de la richesse des cultures islamiques. Cette tâche s’accomplit au sein de la société égyptienne grâce à une immersion de ses chercheurs, dominicains ou laïcs, qui résident au Caire, dans le but de susciter une théologie qui encourage une communion fraternelle avec les musulmans en mettant en lumière les vérités inscrites dans leurs traditions religieuses.

L'Idéo a constitué l'une des plus importantes bibliothèques spécialisées dans le domaine de l'islamologie, avec plus de 125 000 volumes et près de 1 800 titres de périodiques. Elle propose plus de       20 000 textes du patrimoine arabo-musulman, ainsi que de la littérature secondaire en arabe et en langues occidentales.

La contribution de l'Idéo à Bibliothèques d'Orient illustre, entre autres disciplines, les sciences islamiques traditionnelles (fiqh, usūl al-fiqh, ʿaqīda, hadīth, tafsīr), le soufisme et la spiritualité islamique mystique, la littérature et le genre adāb.

L’Institut français d’archéologie orientale (IFAO) a été créé en 1880 au Caire. Il s’attache à l’étude des cultures qui se sont succédé en Égypte depuis la préhistoire jusqu’à l’époque contemporaine.

Sa bibliothèque, riche de plus de 94 000 volumes, est spécialisée dans les domaines de l’égyptologie, de la papyrologie, des études classiques, byzantines, coptes et arabes. Elle possède un fonds d’archives constitué des données collectées sur les chantiers archéologiques et des archives scientifiques de chercheurs, soit 200 mètres linéaires d’archives manuscrites, plus d’un million de photographies et           40 000 documents graphiques.

Dotée d’une imprimerie créée en 1898, l’IFAO édite chaque année 5 revues scientifiques et une vingtaine de monographies en plusieurs langues.

Partenaire historique du projet Bibliothèques d'Orient, la bibliothèque de l'IFAO offre une riche documentation correspondant à ses travaux en Égypte, avec notamment les registres, journaux et photographies de la fouille historique de Médamoud.

L’Institut français d’études anatoliennes (IFEA), rattaché au CNRS et au ministère des Affaires étrangères, est un centre de recherche basé à Istanbul. Fondé en 1930, il soutient les travaux sur la Turquie et sur les régions voisines (Anatolie, Balkans, Caucase). Ses axes de recherche couvrent l’histoire, l’urbanisme, la politique, les sciences sociales et humaines en général. Plus grand centre de recherche européen en Turquie, l'IFEA joue un rôle clé dans les relations scientifiques franco-turques, notamment en suivant les évolutions d'Istanbul. Il accueille chaque année une cinquantaine de chercheurs, propose des bourses, organise des événements académiques et promeut la Francophonie en Turquie.

L'Institut français du Proche-Orient (Ifpo) est un centre de recherche implanté en Syrie, en Jordanie, en Irak, dans les Territoires palestiniens et au Liban. Son administration générale se situe actuellement à Beyrouth.

Placé sous la double tutelle du CNRS et du ministère des Affaires étrangères, l'Ifpo collabore avec les institutions académiques des pays hôtes, ainsi qu'avec des organisations françaises. Ses recherches couvrent un large éventail de disciplines, allant de l'archéologie aux études contemporaines, en passant par les études arabes.

Né de la fusion d'institutions historiques, telles que l'Institut français d'études arabes de Damas, fondé en 1922, l'Ifpo gère une médiathèque multi sites bien fournie, riche d'archives scientifiques et d'acquisitions anciennes et continues dans les librairies syriennes, jordaniennes ou libanaises.

En 2022, l'Ifpo, le programme de recherche Littératures populaires du Levant (LiPoL) et la Bibliothèque nationale de France ont mis en ligne une exceptionnelle archive de recherche, les carnets manuscrits de conteurs de la Sīrat Baybars, photographiés à Damas par Georges Bohas et Francis Guinle.

Salt est une institution culturelle turque, née en 2011 de la fusion d'institutions artistiques et d'organisations se consacrant à l'histoire bancaire, parmi lesquelles le centre d'archives et de recherche de la Banque ottomane. Fondation à but non-lucratif, Salt propose dans ses antennes des expositions, des conférences et des ateliers. Ses domaines de prédilection sont les pratiques artistiques, architecturales et de design ainsi que les études d’histoire sociale et économique.

Son centre de documentation compte plus de 100 000 volumes imprimés. Par ailleurs, Salt conserve, numérise et diffuse des fonds documentaires, notamment autour de l'architecture et de l'urbanisme d'Istanbul, sur la plateforme Salt Research. Sur Bibliothèques d'Orient, l'institution met à disposition sa riche collection de presse ottomane en langue française, complémentaire de celle de la BnF.