أسست المكتبة الشرقية (BO)، وهي مكتبة التراث والبحث التابعة لجامعة سان جوزيف في بيروت، في أواخر القرن التاسع عشر على يد الآباء اليسوعيون، ولا تزال ملكًا لهم. وقد روي تاريخها مؤخرًا في فيلم وثائقي بعنوان "المكتبة الشرقية: تراث مكشوف"، وهو متاح على الإنترنت. على مر السنين، كوّن اليسوعيون مجموعةً مهمة من المواد المطبوعة والمخطوطات باللغات الأوروبية والشرقية (خاصةً الفرنسية والعربية). تضم مجموعة المكتبة أكثر من 250,000 عنوان كتاب، و1,800 عنوان مجلة محلية وأجنبية، و3,700 مخطوطة، و2,440 خريطة، و30,000 وثيقة فوتوغرافية.

يقع المركز الدولي لدراسات المخطوطات المصرية (CEALEX) في الإسكندرية منذ عام 1990، ويُعتبر أحد الجهات الرائدة في دراسة التاريخ العميق للمدينة ومنطقتها. من خلال الحفريات الأثرية والدراسات المتخصصة ومشاريع صون وإبراز التراث، يسعى المركز إلى تعزيز المعرفة التاريخية بهذه المتروبوليس والمساهمة في الحفاظ على تراثها الفريد، سواء كان أثريًا أو حديثًا. وتضم مكتبته أكثر من 12,000 كتاب و2,500 مجلد من الدوريات، تشمل كتبًا نادرة وخرائط ومخططات، إضافة إلى نصوص تتعلق بالبعثات العلمية الكبرى في القرن التاسع عشر.

ويتيح المركز، عبر منصة مكتبات الشرق، الوصول إلى مكتبة الخرائط الخاصة به ومجموعته الغنية من البطاقات البريدية القديمة.. 

منذ القرن الرابع عشر، كانت حراسة الأرض المقدسة الإقليم الفرنسيسكاني الذي يشمل المناطق التي بدأ فيها التاريخ المسيحي: إسرائيل الحالية، والأراضي الفلسطينية، وسوريا، والأردن، ولبنان، وقبرص، ورودس. وحتى منتصف القرن التاسع عشر، كانت حراسة الأرض المقدسة الممثل المؤسسي الوحيد للكنيسة الكاثوليكية الرومانية في الأرض المقدسة، حيث لعبت دورًا هامًا في استقبال الحجاج. واليوم، لا تزال حراسة الأرض المقدسة مسؤولة عن الأماكن المقدسة نيابةً عن تلك الكنيسة. كانت مكتبة حراسة الأراضي المقدسة في الأصل مكتبة خاصة للرهبان المقيمين في دير جبل صهيون في القدس، وقد أُثريت بمساهمات عديدة، حصل عليها أو أهداها الحجاج الذين يأتون إلى المدينة المقدسة. وفي عام ١٨٤٧، أُضيفت إليها إنتاجات حراسة الأرض المقدسة بفضل مطبعة أُنشئت في دير سان سافور. غالبًا ما لا تُوزّع هذه المنشورات على نطاق واسع في أوروبا، وتشمل كتبًا ومجلات تتناول الأماكن المقدسة (التاريخ، والآثار، والطقوس الدينية، والعمارة) بعدة لغات. كما تحتوي على كتيبات التعليم المسيحي، ورسائل طبية وصيدلانية، وكتب مدرسية محلية، ومنشورات رسمية داخلية وخارجية، صدرت بناءً على طلب السلطات البلدية في القدس.

تأسست المدرسة الفرنسية للكتاب المقدس والآثار في القدس (ÉBAF) عام ١٨٩٠ على يد الأب ماري جوزيف لاغرانج (١٨٥٥-١٩٣٨) كمدرسة تطبيقية للدراسات الكتابية في أرض الكتاب المقدس. تُجري المدرسة كلاً من التفسير والبحوث الأثرية، وقد اكتسبت سمعة علمية مرموقة في مجالات علم النقوش، واللغويات السامية، وعلم الآشوريات، وعلم المصريات، بالإضافة إلى التاريخ القديم، والجغرافيا، والإثنوغرافيا. تساهم مكتبة  الرائعة في تعزيز سمعتها. تُخصص مجموعاتها، الغنية بأكثر من ٤٦ ألف مجلد وأكثر من ١٠٠٠ دورية متخصصة (بما في ذلك ٤٥٠ اشتراكًا نشطًا)، بشكل رئيسي لتفسير الكتاب المقدس وعلم آثار الشرق الأدنى، بالإضافة إلى لغات وآداب شعوب الشرق الأدنى القديم. أُنشئت المكتبة عند تأسيس المدرسة، وكانت في البداية في قاعة الطعام الحالية، وتمتد الآن على طابقين سفليين واسعين تحت الدير. تضم مكتبة خرائط ومكتبة صور فوتوغرافية تضم أكثر من 33,000 صورة قديمة غير منشورة.. 

تأسس معهد الدومينيكان للدراسات الشرقية (IDEO) في القاهرة أواخر عشرينيات القرن الماضي، وأنشأه الرهبان الواعظون رسميًا عام ١٩٥٣. تتمثل مهمة هذا المعهد البحثي في ​​استكشاف التراث اللاهوتي والفلسفي للإسلام وثراء الثقافات الإسلامية. ويتم تحقيق هذه المهمة في المجتمع المصري من خلال انخراط باحثيه، الدومينيكان والعلمانيين، المقيمين في القاهرة، بهدف تعزيز لاهوت يشجع على التواصل الأخوي مع المسلمين من خلال تسليط الضوء على الحقائق المضمنة في تقاليدهم الدينية. وقد أنشأ المعهد واحدة من أكبر المكتبات المتخصصة في مجال الدراسات الإسلامية، بأكثر من ١٢٥ ألف مجلد وما يقرب من ١٨٠٠ دورية. ويقدم المعهد أكثر من ٢٠ ألف نص من التراث العربي الإسلامي، بالإضافة إلى مراجع ثانوية باللغات العربية والغربية. إن مساهمة المعهد في مكتبات الشرق تمثل، من بين تخصصات أخرى، العلوم الإسلامية التقليدية (الفقه، أصول الفقه، العقيدة، الحديث، التفسير)، والتصوف والروحانية الإسلامية الصوفية، والأدب، ونوع الأدب..

أسس المعهد الفرنسي للآثار الشرقية (IFAO) عام ١٨٨٠ في القاهرة. ويركز على دراسة الثقافات المتعاقبة التي وُجدت في مصر من عصور ما قبل التاريخ إلى العصر الحديث. 

تتخصص مكتبته، التي تضم أكثر من ٩٤ ألف مجلد، في مجالات علم المصريات، وعلم البرديات، والدراسات الكلاسيكية والبيزنطية والقبطية والعربية. ويضم أرشيفًا يضم بيانات جُمعت عن المواقع الأثرية والأرشيفات العلمية للباحثين، ويضم ٢٠٠ متر طولي من أرشيفات المخطوطات، وأكثر من مليون صورة فوتوغرافية، و٤٠ ألف وثيقة بيانية. مع مطبعة أُنشئت عام ١٨٩٨، ينشر المعهد الفرنسي للآثار الشرقية خمس مجلات علمية وحوالي عشرين دراسة بعدة لغات سنويًا. يُعد المعهد شريكًا قديمًا في مشروع مكتبات الشرق، ويقدم مكتبةً غنية بالوثائق المتعلقة بعمله في مصر، بما في ذلك السجلات والمجلات والصور الفوتوغرافية من الحفريات التاريخية في مدامود.

لمعهد الفرنسي للدراسات الأناضولية (IFEA)، التابع للمركز الوطني الفرنسي للبحث العلمي (CNRS) ووزارة الخارجية، هو مركز أبحاث مقره إسطنبول. تأسس عام ١٩٣٠، ويدعم الأبحاث المتعلقة بتركيا والمناطق المجاورة (الأناضول، والبلقان، والقوقاز). تغطي اهتماماته البحثية التاريخ، والتخطيط العمراني، والسياسة، والعلوم الاجتماعية والإنسانية بشكل عام. وبصفته أكبر مركز أبحاث أوروبي في تركيا، يلعب المعهد دورًا محوريًا في العلاقات العلمية الفرنسية التركية، لا سيما من خلال رصد التطورات في إسطنبول. يستقبل المعهد حوالي خمسين باحثًا سنويًا، ويقدم منحًا دراسية، وينظم فعاليات أكاديمية، ويعزز الفرانكوفونية في تركيا

 المعهد الفرنسي للشرق الأدنى (Ifpo) هو مركز أبحاث يعمل في سوريا، الأردن، العراق، الأراضي الفلسطينية ولبنان، ويقع مقره الإداري الرئيسي حاليًا في بيروت.

يخضع المعهد لإشراف مزدوج من المركز الوطني الفرنسي للبحث العلمي (CNRS) ووزارة الخارجية الفرنسية، ويتعاون مع مؤسسات أكاديمية في الدول المضيفة، بالإضافة إلى منظمات فرنسية. وتغطي أبحاثه طيفًا واسعًا من التخصصات، بدءًا من علم الآثار، مرورًا بـ الدراسات العربية، وصولًا إلى الدراسات المعاصرة.

وقد نشأ المعهد عن دمج مؤسسات بحثية عريقة، من بينها المعهد الفرنسي للدراسات العربية في دمشق، الذي تأسس عام 1922. ويدير المعهد مكتبة متعددة الفروع، غنية بالأرشيفات العلمية، وبمقتنيات قديمة وحديثة تم جمعها من المكتبات السورية، الأردنية واللبنانية.

في عام 2022، أطلق المعهد الفرنسي للشرق الأدنى، بالشراكة مع برنامج أبحاث "الآداب الشعبية في المشرق" (LiPoL) والمكتبة الوطنية الفرنسية (BnF)، أرشيفًا بحثيًا استثنائيًا عبر الإنترنت، يتضمن الفاتر المخطوطة للرواة الشعبيين لسيرة الظاهر بيبرس، والتي تم تصويرها في دمشق من قبل الباحثَين جورج بوهّاس وفرانسيس غانل

الوريث للتقليد الرهباني الذي تأسس في القرن السابع شمال سهل نينوى، أُعيد تأسيس رهبنة الأنطونيين الكلدان للقديس هرمز عام 1808 على يد الأنبا غبريال دنبو، ثم أُقرت رسميًا من قبل البابا غريغوريوس السادس عشر عام 1845.

وقد تطورت هذه الرهبنة، المرتبطة بالكنيسة في روما، بفضل النشاط التبشيري لرهبانها في قرى شمال العراق الحديث، وبفضل إنشاء مدرسة عام 1880.

تُعد مكتبة الرهبنة واحدة من أهم المجموعات الدينية الخاصة في العراق. وقد تأسست هذه المجموعة منذ بداية النهضة الرهبانية في أوائل القرن التاسع عشر، وتضم اليوم أكثر من 2000 مخطوطة، تتناول مواضيع في الكتاب المقدس، الليتورجيا (الطقوس الكنسية)، الفلسفة، القانون الكنسي، التاريخ، وغيرها من المواضيع. وتُكتب غالبية هذه المخطوطات باللغتين السريانية والعربية، بالإضافة إلى لغات أخرى كـ التركية، الفارسية، العبرية، اللاتينية، الإيطالية، والفرنسية.

وبسبب عدم الاستقرار السياسي، تنقّلت هذه المجموعة عدة مرات، لكنها وجدت اليوم ملاذًا آمنًا في أربيل، وتحديدًا في حي عَنكاوا، حيث أُنشئ "السِكريبتوريوم السرياني" ليكون مركزًا لحفظ ودراسة ورقمنة هذه المخطوطات.

ويهدف هذا المشروع، المدعوم من المكتبة الوطنية الفرنسية  ومنظمة ALIPH، إلى إتاحة هذا التراث العالمي للباحثين حول العالم، عبر الإنترنت، ولا سيما من خلال بوابة "غالّيكا" وموقع "مكتبات الشرق".

.

سالت مؤسسة ثقافية تركية، تأسست عام ٢٠١١ نتيجة اندماج مؤسسات فنية ومنظمات متخصصة في تاريخ المصارف، بما في ذلك مركز أرشيف وأبحاث البنك العثماني. سالت، وهي مؤسسة غير ربحية، تُقدم معارض ومؤتمرات وورش عمل في فروعها. وتتخصص في الممارسات الفنية والمعمارية والتصميمية، بالإضافة إلى دراسات التاريخ الاجتماعي والاقتصادي. يحتوي مركزها التوثيقي على أكثر من ١٠٠ ألف مجلد مطبوع. كما تحفظ سالت المجموعات الوثائقية، وتُرقمها، وتنشرها، لا سيما تلك المتعلقة بالعمارة والتخطيط العمراني في إسطنبول، على منصة سولت للأبحاث. كما تتيح المؤسسة على مكتبة الشرق مجموعتها الغنية من الوثائق العثمانية باللغة الفرنسية، مُكملةً بذلك مجموعة المكتبة الوطنية الفرنسية.. 

زين مركز توثيق وأبحاث غير حكومي وغير ربحي، أسسه مجموعة من المثقفين في السليمانية، كردستان العراق، عام ٢٠٠٤. مهمته الأساسية هي جمع وحفظ التراث المكتوب للأكراد وكردستان، وتوثيق التاريخ الشفوي للحياة اليومية، وإجراء البحوث الأكاديمية ونشرها. يعمل زين كمكتبة وأرشيف ومركز أبحاث ودار نشر، يركز على الحياة السياسية والاجتماعية والثقافية والفكرية في كردستان.