Les souverains français et leurs ministres ont toujours porté un regard négatif sur les petites communautés françaises ou nations qui résidaient dans les Échelles du Levant ou plutôt les consulats. En effet, une Échelle est un port où est situé un consulat, par commodité les consulats situés à l’intérieur des terres comme Alep ou le Caire seront aussi appelés Échelles. La correspondance des députés des Nations françaises des Échelles et des consuls ne faisaient état que des problèmes et jamais de ce qui allait bien. L’information remontant du Levant vers la métropole passait par différents filtres avant de parvenir aux ministres concernés, Chambre de Commerce de Marseille, Intendance de Provence, services du ministre. Il s’ensuivait un effet démultiplicateur sur la vision des ministres qui ne voyaient au Levant que désordres et chaos au sein de cette diaspora en terre ottomane.                                 

Il est vrai que les Échelles ou plutôt les consulats souffraient de graves dysfonctionnements : endettement chronique auprès des usuriers locaux en raison des lourdes avanies imposées par les officiers ottomans, non résidence au Levant des consuls, conflits entre les marchands et les consuls etc. Les Capitulations ont permis à la France d’implanter un réseau de consulats au Levant et en Barbarie au profit desquels l’État ottoman abandonnait une partie de sa souveraineté. Les résidents français n’étaient pas soumis à l’impôt ni aux droits de succession lors d’un décès, ils bénéficiaient d’une totale liberté religieuse et étaient placés sous l’autorité de leur consul qui avait sur ses ressortissants un pouvoir de police et de justice. Le consul pouvait faire rembarquer de force les contrevenants pour la France.

Pour remédier à tous ces maux, Colbert essaya en vain d’imposer la  résidence aux consuls et créa la Compagnie de la Méditerranée qui fut un échec. Pour améliorer la situation il fallait supprimer la vénalité de la charge de consul et transformer ce dernier en officier royal rémunéré. La grande Ordonnance de Marine de 1681, complétée par des règlements pris par Colbert, puis par l’arrêt du conseil pris par Seignelay, établissait les fondements essentiels de l’organisation des consulats qui furent complétés au cours du temps par les différents ministres. Le consul conservait ses pouvoirs de police et de justice mais était dépossédé de ses pouvoirs financiers au profit de l’assemblée de la Nation. L’Ordonnance du 21 octobre 1685 interdisait l’embarquement pour le Levant et la Barbarie sans l’autorisation de la Chambre de Commerce de Marseille qui délivrait des certificats de résidence. La réforme de Colbert et de Seignelay ne se fit pas sans résistance de la part des consuls qui se voyaient privés de substantiels revenus par l’interdiction de commercer et la suppression des taxes qu’ils percevaient pour leur rémunération. Quant aux marchands, ils se plaignaient de voir leurs libertés réduites. Les respectueuses protestations furent sans effet, et la résistance s’exprima sous la forme d’une contestation religieuse dans les Échelles, anticléricalisme, voire refus de la pratique chrétienne entre 1685 et 1715.

Les ministres purent imposer la réforme du statut de consul en s’appuyant sur une institution coutumière, l’assemblée de la Nation française de l’Échelle. Celle-ci se vit attribuer le pouvoir de promulguer des règlements intérieurs à l’Échelle que le Consul devait faire appliquer. Les compétences financières  autrefois dévolues au consul étaient transférées à l’assemblée de la nation qui élisait deux députés qui assistaient le consul. Ce dernier, devenu un véritable fonctionnaire en 1691, ne pouvait prendre de décision ou rendre la justice sans la réunion de l’Assemblée de la nation et l’assistance de ses deux députés.

Les dispositions prises par les successeurs de Colbert et de Seignelay après 1685 allèrent toutes dans le sens de plus d’autorité et de centralisme, à l’exception de la période de la Régence. Limite d’âge pour se rendre au Levant, interdiction de la présence des femmes et des filles et des Protestants au Levant furent  les premières mesures restrictives. Sous le système Maurepas Villeneuve 1729-1769, la centralisation s’accentua de même que la limitation de la durée de séjour au levant, la réduction du nombre de maisons de commerce, le versement d’une caution par les négociants, l’interdiction d'acquérir des propriétés immobilières au Levant. Le système fut aboli en 1769, laissant un répit aux négociants. L’ordonnance de  marine de1781, toutefois, revenait aux anciens règlements en obligeant en plus les maisons mères de Marseille à faire de leurs régisseurs des associés.